Ngoài sự nghiệp chính trị, Lê Quý Đôn còn để lại cho đời sau một di sản tinh thần vô cùng quý giá, bao gồm gần 40 bộ sách mà nội dung đề cập đến hầu hết mọi lĩnh vực: kinh tế, chính trị, triết học, lịch sử, địa lý, ngôn ngữ, văn học… Trong đó có nhiều bộ nổi tiếng như: Đại Việt thông sử, Phủ biên tạp lục, Kiến văn tiểu lục, Bắc sứ thông lục, Vân đài loại ngữ, Quần thư khảo biện, Dịch kinh phu thuyết, Toàn Việt thi lục, Hoàng Việt văn hải... Tác phẩm của Lê Quý Đôn phần lớn được viết bằng chữ Hán. Ngoài ra, ông cũng sử dụng chữ Nôm để sáng tác văn học, để mô tả các giống lúa, cây cỏ hoặc diễn giải, chú thích các bộ kinh điển Nho học như Tứ thư ước giải, Thư kinh diễn nghĩa. Về sáng tác thơ ca, ông để lại tập thơ chữ Hán “Quế Đường thi tập” và một số sáng tác bằng chữ Nôm.